Bap Aralık Alımları

Proje Kodu

Proje Yürütücüsü

Birim/Bölüm

TCD-2013-4494

Öğr.Gör.Dr. Elif Funda ŞENER

TIP FAKÜLTESİ

Sıra

Malzeme

Miktar

Birimi

1

Cycle Pure Kit (PCR Purification, 200 reaksiyon)

3

Adet

2

DNA Sep Cap Array 33-75B

2

Adet

3

DTCS Quick Start Kit (100 reaksiyon)

2

Adet

4

GenomeLab Separation Buffer

5

Adet

5

Ultra-Sep Dye Terminator Removal Kit (200 reaksiyonluk)

2

Adet

6

Separation Gel - LPAI 10 mL, 100 reaksiyonluk

8

Adet

KAPİLER KANALLI OTOMATİK DİZİ ANALİZİ SİSTEMİ İÇİN

DTCS (Dye Terminator Cycle Sequencing)

DİZİ ANALİZ KİTLERİ TEKNİK ÖZELLİKLERİ

1. Kapiler kanallı otomatik dizi analiz sisteminde, dizi analizi uygulamalarında kullanılabilecek DTCS kiti, “Sanger - Coulson Dideoxy-Terminator DNA Sequencing” yöntemine uygun dizi fragmanları oluşturabilecek özellikte olmalıdır.

2. Kapiler kanallı otomatik dizi analiz sisteminde, dizi analizi uygulamalarında kullanılabilecek DTCS kiti, 96 dizi analizi örneğinin çalışabilmesini mümkün kılacak miktarda içeriğe sahip olmalıdır.

3. Kapiler kanallı otomatik dizi analiz sisteminde, dizi analizi uygulamalarında kullanılabilecek DTCS kiti, aşağıda belirtilen içeriğe sahip olmalıdır.

   • DTCS Master Mix (10x Sequencing reaction buffer, dNTP Mix, ddUTP dye terminator, ddGTP dye terminator, ddCTP dye terminator, ddATP dye terminator, Polymerase enzyme)

   • Glycogen (20 mg/ml),

   • Mineral oil,

   • Sample loading solution (SLS),

   • pUC18 control template,

   • M13 –47 sequencing primer

4. Kapiler kanallı otomatik dizi analiz sisteminde, dizi analizi uygulamalarında kullanılabilecek DTCS kit içeriğindeki boya sonlandırıcı ddNTP moleküllerinin her biri (ddUTP, ddGTP, ddCTP, ddATP), kırmızı ışık bölgesinde eksitasyon ve emisyon spektrumuna sahip olmalıdır. Ortalama absorbans ve emisyon değerleri aşağıdaki gibi olmalıdır;

ddN Abs (nm) Em (nm)

ddT 649 675

ddG 682 708

ddC 750 782

ddA 784 815

5. Kapiler kanallı otomatik dizi analiz sisteminde, dizi analizi uygulamalarında kullanılabilecek DTCS kiti, Adenin (A), Timin (T), Guanin (G) ve Sitozin (C) bazlarına karşılık olarak 4 farklı spektrumda floresan boya analizi yapmalıdır.

6. Kapiler kanallı otomatik dizi analiz sisteminde, dizi analizi uygulamalarında kullanılabilecek DTCS kiti, örneklerin kırmızı bölge spektrumunda işaretlenmesine olanak sağlamalı, böylece görünür ışık bölgesine daha yakın olan mavi bölge spektrumundan uzaklaşılmalı ve biyolojik materyallerden doğabilecek interferans en aza indirilmiş olmalıdır.

7. Kapiler kanallı otomatik dizi analiz sisteminde, dizi analizi uygulamalarında kullanılabilecek DTCS kiti, en az 200 sekans yapmaya yetecek miktarda teslim edilmelidir. Bununla birlikte, aşağıda kısa özellikleri tanımlanan kapiler elektroforez jeli, elektroforez tampon çözeltisi, kapiler, PCR saflaştırma kitleri ve boya sonlandırıcı temizleme kiti de teslim edilmelidir:

- Elektroforez tampon çözeltisi: Elektroforez işlemi esnasında kapiler kanallarıyla teması sağlayarak tampon vazifesi görmelidir.

- Elektroforez jeli: Toksik olmayan, fiziksel özellikte bir poliakrilamid jel olmalıdır. Böylece kimyasal jellerin kullanımından doğabilecek zararlı etkiler minimuma indirilmiş olmalıdır. Ayırma jeli, genel sekans ve fragment uygulamaları için optimize edilmiş olmalıdır, kullanıma hazır kartuş şeklinde ve otomatik olarak sisteme yüklenebilir özellikte olmalıdır.

- Kapiler: 33 cm standart uzunluğa ve 75 m çap değerlerine sahip olmalıdır. İç yüzeyi silanol grupları ile kaplı ve DNA moleküllerini merkezi ve rahat ayıran özellikte olmalıdır.

- PCR saflaştırma ve sekans sonrası ddNTP temizleme kitleri, tüm sarf sistemi ile uyumlu olmalı ve laboratuarımızca daha önce test edilmiş olmalıdır.

8. Teklif edilen tüm kimyasal ve sarflar birbiri ile uyumlu biçimde çalışabilecek özelliklerde olmalıdır. Daha önce laboratuarımızca test edilmemiş ürünler için numune bırakılmalı ve firma personeli tarafından denenerek PCR sonuçları ibraz edilmelidir.

9. Teknik özellikleri tanımlanan tüm sarf malzeme ve kitler, laboratuarımızda kurulu bulunan kapiler elektroforez temelli genetik analiz (BECKMAN CEQ2000) sisteminde kullanılacaktır. Teklif veren firmaların, gerektiğinde aplikasyon desteği vermesi gerekmektedir. Bu amaçla, firma bünyesinde, üretici firma tarafından sertifikalandırılmış aplikasyon destek personeli bulunmalıdır. Bu personele ait sertifika kopyası sunulmalıdır.

10. Yapılacak olan sekans çalışmasında çalışmanın standardizasyonu açısından ilgili reaktif ve kitlerin alımının tek firmadan yapılması tercih edilecektir.